3.1 项目分类管理
按照来源的不同，科研生产项目分为国家项目、纵向项目、横向项目、院控项目四类（其中纵向项目又分为科技开发部项目、油田先导项目等）；按照性质的不同，科研生产项目分为重大项目和一般项目。国家项目包括国家重大专项、973计划、863计划、国土资源部战略选区项目、国家自然科学基金等，按照相关部委有关文件的要求进行管理；纵向、横向、院控项目在立项、过程管理、验收（鉴定）、后评估、归档等阶段执行科研生产项目管理的相关流程。
3.2 质量分级控制
不同类别项目的质量控制实行分级管理，其中重大项目执行三级质量审查，即：项目组自评(第一级质量审查）、科研部门审查(第二级质量审查）、学术委员会审查(第三级质量审查），以第三级审查评审组组长的签字意见作为提交甲方审查的依据；一般项目执行二级质量审查，即：项目组自评、科研部门审查，由项目主审人组织评审，以项目主审人的签字意见作为提交甲方审查的依据。科研（生产）管理部派人参加评审。
3.3 加强过程管理
通过提高信息化手段，完善科技网功能，实现了项目过程管理业务流程固定化、待办任务可视化和完成任务时限化，有力地保障了各项制度和流程的忠实执行，大大提高了管理效率。两年来，项目质量明显提高，科研生产项目各阶段研究成果在科技网的上传率由40%上升到95%以上，及时率由30%上升到95%以上。
科研生产项目已实现了全过程的信息化管理，包括信息下载、记录提交、网上审核。不同部委的国家项目在相应的网站上提交立项申报、阶段成果督察评估报告等。其中，重大专项通过OA系统链接的国家科技重大专项管理信息系统进行科研管理及经费管理，并进行中期检查；纵向、横向、院控项目通过勘探开发研究院科研管理系统（简称：科技网）进行管理。项目管理过程的记录通过科技网提交。
研究部门根据承担的科研生产项目，每季度对科研生产项目管理流程的执行情况进行一次部门自检；科研（生产）管理部每季度对各部门执行情况进行一次日常检查；质量标准化室每半年对各管理（公益）、研究部门履职情况进行一次监督审核。其中：部门自检和日常检查通过科技网进行，监督审核通过OA系统中的QHSE审核子模块实现（该系统已与科技网实现链接）。
可通过绩效量化考核，强化项目过程管理效果。在考核方面，提高了科研质量管理和项目过程管理的考核权重，对项目立项论证、中期检查、验收评价等环节，提出了考核目标要求。对各个时间节点管理、三级质量控制管理等提出了明确的管理要求。年终，考核部门依据有关流程的要求，根据项目在立项论证、中期检查、验收评价等环节的三级质量管理及时间节点的监督检查结果进行目标考核。两年来，全院项目质量明显提高，未发生重大质量问题，项目质量优良率大于90%，项目年度任务完成率100%，中期检查平均分高于中石化平均水平。
对监督检查过程中发现的问题，由责任部门及时组织整改，管理部门验证整改效果。例如，2011年通过各级检查，发现科研生产项目管理主要存在三方面的问题：三级质量责任体系之责任人岗位职责执行不到位、过程管理中流程执行不规范和节点管理不守时、外协项目管理的风险控制缺少相关制度和流程等问题时，科研管理部及时采取了针对性的整改措施。
进一步厘清一体化管理体系中“三级质量保证体系和责任体系”的主体及其职责，辅以信息化管理手段，做实各级审查工作。同时，利用考核的约束作用，对科研部门和专家队伍签订年度目标责任书，明确参与三级质量审查的职责和考核内容。
重新修订了外协项目管理细则，将审计发现的问题在制度中作了补充，并在外协项目的管理中加强流程的执行，从而规避了上述问题的再次发生。
